1966 yılında doğdu. Erenköy Kız Lisesi’ni bitirdikten sonra Yıldız Teknik Üniversitesi Mimarlık Fakültesi Mimarlık bölümünden 1987 yılında mezun oldu. 1991’de aynı üniversitenin Yapı Fiziği Anabilim Dalı’nda yüksek lisansını tamamlayan Kesgün, Mimyapı Mimarlık aile şirketinin kurucuları arasında yer aldı.
2000 yılında Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Deontoloji ve Tıp Tarihi Anabilim Dalı’nda Ord. Prof. Dr. A. Süheyl Ünver Nakışhanesi’nde Geleneksel Türk Sanatları’nda Gülbün Mesara yönetiminde Tezhip, Nusret Çolpan yönetiminde Minyatür dersleri almaya başladı.
Minyatür ve Tezhip dalında pek çok karma sergiye katılarak sergi katalogları ve yayınlarında yer aldı. 2003 yılında Artemis Heykel Döküm Atölyesi’nde, Takı Tasarımı ve Üretimi eğitimi alarak takı ve heykel sergilerine katıldı. Aldığı mimarlık eğitimi ve sanata olan gönül yakınlığı ile 2011 yılında Mimsanat Akademisi’nin kurucularından oldu. Türk Süsleme Sanatları ve Türk Makam Müziği üzerine eğitim veren Mimsanat Akademisi’nde yöneticilik yapan Fatma Kesgün, aynı zamanda hocası Nilgün Gencer ile birlikte minyatür çalışmalarına devam etmektedir. Toplumun sanatla yüceleceğine inanan Kesgün, çocukara yönelik sanat eğitimleri veren Mimsanat Derneği kurucuları arasında olup, Yönetim Kurulu Başkanlığı görevini yürütmektedir.